Il Mte Sabotino, il Mte Santo e l'altipiano di Banjšice, che fanno parte delle Alpi Dinariche, nel passato formarono un altipiano unico, separato successivamente dal fiume d'Isonzo che divise il Sabotino dal Mte Santo. Geologicamente, il Sabotino è formato dalle relativamente giovani pietre. I più vecchi sono gli strati del calcare grigio (110 millioni di anni) e bianco, che formano la parte centrale e superiore del Sabotino. Gli strati giacciono su più recenti strati della marna e sul flysch eocene ai piedi del Sabotino. I più recenti strati (meno di 1,8 millioni di anni) - le terrazze di ghiaia e di conglomerato nelle vicinanze di Salcano - furono depositati dall'Isonzo nel quaternario.
Nell'ambito internazionale, il Sabotino è importante per conservare le specie degli uccelli, perciò ha uno stato di valore naturale. È inoltre stato proclamato un'area ecologica importante che fa parte della rete Natura 2000.
Zigolo giallo è il più caratteristico uccello del Sabotino, sul quale è stata registrata la più alta densità di questa specie in Europa. Succiacapre aveva contribuito per lo più al fatto che il Sabotino fosse diventato un'area protetta. Un interessante visitatore del Sabotino è grifone, che possiamo vederlo soprattutto nei mesi estivi quando sorvola tra l'isola di Cherso in Croazia e le Alpi.
La regina della cresta del Sabotino e i suoi versanti è indubbiamente la vipera dal corno, il più comune serpente velenoso in Slovenia. Frequentemente, possiamo vederlo durante i mesi più caldi dell'anno, nonchè d'inverno quando esce dal suo nascondiglio nei giorni tranquilli.
Il Sabotino è noto anche per la sua flora che è tra le più ricche di Slovenia; il monte è un punto d'incontro delle tre grandi zone fitogeografiche: dinarica, sub-mediterranea e pre-alpina. Alcune specie di flora raggiungono i limiti estremi dei loro areali proprio sul Sabotino.
L'area ovest del Sabotino - i prati e i pascoli sui versanti soleggiati e meno ripidi - sono esposti ad inboscamento. Le specie tipiche dei prati e pascoli gradualmente spariscono, perciò la diversità biotica del Sabotino sta diminuendo. I versanti ombrosi sono coperti dei vari alberi a foglie decidue.
La flora delle orchidee, in gran parte elencata come specie in pericolo di estinzione, è anche ricca sul Sabotino.