Sabotin ist eines der floristisch gesehen reichsten Gebieten Sloweniens, da hier das submediterrane, das voralpine und das dinarische phytogeographische Gebiet zusammentreffen. Einige Pflanzenarten erreichen auf Sabotin die äußersten Grenzen ihrer Ausbreitung.
Ehemalige Wiesen und Weiden an den sonnenseitigen und flacheren Westhängen von Sabotin wachsen zu, deswegen verringert sich die biotische Vielfalt von Sabotin, da die Wiesenpflanzen- und Tierarten allmählich schwinden. Die schattenseitigen Hänge werden von bunten Laubwäldern bewachsen.
Auf Sabotin gibt es auch eine reiche Orchideenflora, die fast alle auf die rote Liste der bedrohten Pflanzenarten gehören.